Насчёт животных не знаю, а вот, микрофлора - это да. Кишечник новорождённого стерилен. Потом туда поселяются микробы. Если в это время поселились какие-то не полезные, то организм их воспринимает, как своих и потом плохо с ними борется. Ну и конечно, организм привыкает к той пище, которой кормят с детства - не только микробы, но и выработка ферментов и т.д.