Никогда не приходилось слышать, чтобы пару гомологичных хромосом называли просто "хромосомой". При мейозе, когда пара хромосом соединяется, она называется бивалентом. А все остальное время хромосомы раздельны.
Может быть, в путанице виноваты не биологи, а те кто иногда себя таковыми без оснований называют?